创新研究部

承担研究院智库研究工作，包括专业领域、重点课题研究、编写智库研究报告、决策咨询专报。发表相关论证报告、决策参考、规划报告；组织和协调课题相关工作。提供面向域内外的政府研究、区域发展战略、城市和地区发展规划、国企改革研究、产业发展研究、产业园区规划、投融资分析、资本运作、可行性分析、市场调研等专业研究咨询服务。

智库产业部

以开展智库产业孵化与培训为核心主业，涵盖文化、培训、会务、咨询、调研、产业对接、企业孵化和产业投资等业务，秉持“搭建横琴商务交流平台，共用区域经济研究成果”的开放理念，整合政府、高校、企业和产业集团资源，建立多维合作平台。

综合行政部

全面统筹研究院日常运作，负责组织研究院人力资源开发、财务管理等工作。